2008年5月12日14时28分,四川省发生里氏8.0级汶川特大地震。面对这突如其来的特大地震,身为省卫生厅应急办副主任的杨勇顾不上个人及家人安危,马上赶赴省地震局了解震情。1小时后,正当卫生厅领导和职工们聚集在办公大楼下研究如何应对地震灾情时,杨勇赶了回来,第一个带回准确消息: 震中在汶川,灾情严重。这个消息让厅领导明确了卫生救援的方向。杨勇临危受命,担任四川省卫生厅抗震救灾医疗卫生救援指挥部现场抢救组副组长。随后,他便和分管副厅长王正荣一道率领由80余名医护人员和20余辆救护车组成的第一支省卫生应急救援队伍火速挺进震中汶川。下午4时许到达重灾区都江堰,并在此抢救了几名伤员,但因途中山体滑坡、道路阻断,无法前进,杨勇心急如焚,先是决定步行进入震中汶川县映秀镇,后被警察劝阻,最终与带队领导快速商议,决定绕道绵阳连夜转战另一重灾区北川县。通讯中断,天黑地狭,山路崎岖,余震频发,一路上随时都有被飞石击中和翻车的危险。面对死亡威胁,他毫不畏惧,勇往直前。
当晚11时左右,省医疗救援队到达安县,然后兵分两路。杨勇和省卫生厅副厅长王正荣一行先去北川县城踩点,察看如何救援。11时50分左右,杨勇一行抵达北川,迅速投入一场惊心动魄的“生命抢夺战”。眼前北川县城一片惨景,救援面临严峻考验:大量房屋倒塌,一片漆黑,一不小心就会踩到尸体,伤员太多,到处是悲惨的呼救声,灾情远远超出预计,救援队所带绷带、骨折固定夹板都不够用。杨勇立即决定:将白大褂撕成条当包扎带用;在废墟中找树枝、桌凳劈成木条做临时固定夹板;没有输液架,就动员未受伤的学生两人一组,轮换举着输液瓶为伤员输液。所有的医务人员都流着眼泪用手电筒寻找伤员。在后援物资和救援医疗队到来之前,杨勇和首批抵达北川的医疗救援队员们就是用这样的方法抢救了大批伤员。杨勇将医疗急救队分成5个小组,连续作战,没有片刻休息,尽一切努力将一个个生命从死亡线上拉回来。各种急救药品器械很快就用完,杨勇要求大家就地取材,利用一切可利用的资源全力救治伤员。当晚,风雨交加,杨勇忙碌的身影一直晃个不停,他几乎不吃不喝,连续工作了30多个小时没有合眼。
到14日凌晨,医疗队员们忍受疲劳和饥饿,累计抢救和转运伤员1500余名。当时曾与杨勇一同到达北川的四川省人民医院抗震救灾医疗队队长、四川省人民医院急救中心副主任曾俊回忆说:“杨勇责任心很强,在应急处置上很有经验,指挥非常沉着,毫不惊慌。他在汶川特大地震抗救灾的医疗救援中发挥了重大作用。”
5月15日以后,根据卫生厅抗震救灾指挥部的统一安排,杨勇从北川地震灾区回卫生厅,编入指挥部医疗救治组工作。紧接着他又迅速投入到组织调度省内外和国内外医疗救援队伍以及地震伤员跨省大转运的工作中,直到汶川地震抗震救灾工作全面结束,连续5个多月没有休息一个周末和节假日。当时他儿子正面临高考的关键时刻,可他根本无暇顾及家庭大事。甚至震后3个月,他都一直没回同是地震重灾区的崇州老家,去看一眼年迈的父母,还是成都市卫生局一位同志前往崇州指导工作时顺路代他看望了两位老人。
从汶川震区救援归来后,杨勇积极推动医疗卫生应急救援预案的修改完善,呼吁增加省卫生应急物资储备的品种和数量。在领导的重视支持下,四川省医疗卫生应急物资储备情况很快大为改善。